La posible relación entre el coronavirus de Wuhan, con el coronavirus de pangolín logró gran eco mediático. Pero aúnecuenciado el genoma del coronavirus del pangolín malayo (Manis javanica); solo se compararon algunos trozos (secuencias de ARN) de un estudio de 2019 sobre el metagenoma de pangolines enfermos. Se acaba de publicar en bioRxiv el genoma completo del coronavirus de pangolín (Pangolin-CoV-2020). Así se puede estudiar con rigor su relación con el coronavirus SARS-CoV-2 (antes llamado 2019-nCoV); resulta que se parece mucho más a un coronavirus de murciélagos (Bat-CoV-RaTG13) que al de pangolín. Por ello se descarta que el pangolín sea el vector que conectó a los murciélagos con los humanos.

Identificar el animal responsable de las primeras infecciones de COVID-19 es una prioridad epidemiológica. Así que habrá que seguir investigando. El genoma del coronavirus de pangolín se ha publicado en Ping Liu, Jing-Zhe Jiang, …, Jinping Chen, «Are pangolins the intermediate host of the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV)?» bioRxiv preprint 954628 (20 Feb 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.18.954628. El metagenoma del pangolín se publicó en Ping Liu, Wu Chen, Jin-Ping Chen, «Viral Metagenomics Revealed Sendai Virus and Coronavirus Infection of Malayan Pangolins (Manis javanica),» Viruses 2019: 11: 979 (24 Oct 2019),doi: https://doi.org/10.3390/v11110979).

Los artículos que ofrecen indicios a favor de la conexión entre el coronavirus humano y el del pangolín son Tao Zhang, Qunfu Wu, Zhigang Zhang, «Pangolin homology associated with 2019-nCoV,» bioRxiv preprint 950253 (20 Feb 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.19.950253; Kangpeng Xiao, Junqiong Zhai, …, Lihua Xiao, «Isolation and Characterization of 2019-nCoV-like Coronavirus from Malayan Pangolins,» bioRxiv preprint 951335 (20 Feb 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.17.951335; Tommy Tsan-Yuk Lam, Marcus Ho-Hin Shum, …, Yi Guan, «Identification of 2019-nCoV related coronaviruses in Malayan pangolins in southern China,» bioRxiv preprint 945485 (18 Feb 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.13.945485; Lamia Wahba, Nimit Jain, …, Dae Eun Jeong, «Identification of a pangolin niche for a 2019-nCoV-like coronavirus through an extensive meta-metagenomic search,» bioRxiv preprint 939660 (14 Feb 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.08.939660; Matthew C. Wong, Sara J. Javornik Cregeen, …, Joseph F. Petrosino, «Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019,» bioRxiv preprint 939207 (13 Feb 2020), doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.07.939207.

[PS 18 mar 2020] Recomiendo el artículo de Kristian G. Andersen, Andrew Rambaut, …, Robert F. Garry, «The proximal origin of SARS-CoV-2,» Nature Medicine (17 Mar 2020), doi: https://doi.org/10.1038/s41591-020-0820-9. [/PS]

[PS 23 mar 2020] Se ha publicado en Current Biology (con cambio de título) el artículo de Tao Zhang, Qunfu Wu, Zhigang Zhang, «Probable Pangolin Origin of SARS-CoV-2 Associated with the COVID-19 Outbreak,» Current Biology (19 Mar 2020), doi: https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.03.022. Se concluye tras la revisión por pares que hay que estudiar más coronavirus de pangolines para delucidar qué papel tienen en el origen de SARS-CoV-2. [/PS]

Como bien sabes, parece que la primera infección del brote epidémico de COVID-19 (COronaVIrus Disease 2019) ocurrió en el mercado mayorista de animales de Wuhan a principios de diciembre de 2019 (aunque hay indicios filogenéticos de que su origen podría ser una infección leve o asintomática unos meses antes). Siendo un coronavirus similar a SARS-CoV, cuyo origen son los murciélagos, se pensó en ellos; pero, de forma oficial, en dicho mercado no se venden murciélagos y además están hibernando en invierno. Así que hubo que recurrir a otro animal. Se propuso que podrían ser las serpientes, pero esta hipótesis se descartó cuando se secuenció por primera vez el genoma completo de SARS-CoV-2 («El genoma del coronavirus chino 2019-nCov», LCMF, 25 ene 2020).

El gran parecido (96%) entre SARS-CoV-2 y el coronavirus de murciélago Bat-CoV-RaTG13 no dejaba lugar a dudas; pero este coronavirus se encontró en muestras de Rhinolophus sinicus, un murciélago muy común en la provincia de Yunan, a unos 2000 km de Wuhan. Había que seguir buscando un nuevo animal que se vendiera en el mercado de Wuhan y actuara como vector intermedio entre murciélagos y humanos. Se propuso que podría ser el pangolín, cuyas escamas se venden allí por su uso en la medicina tradicional china. Un animal tan atractivo para el público general dio lugar a un inmenso eco mediático. Pero nadie se había molestado en secuenciar el genoma de los coronavirus de pangolín (como es obvio, los resfriados y las neumonías de pangolines tenían muy poco interés científico).

Los indicios genéticos que apuntaban al pangolín eran débiles e indirectos. En marzo de 2019 se interceptaron 26 pangolines malayos de contrabando en la aduana de Guangdong; fallecieron tres de ellos por una enfermedad respiratoria grave. Se decidió secuenciar su metagenoma para identificar la causa; resultó ser un coronavirus parecido al de los murciélagos. No se secuenció el genoma completo del coronavirus, pues no se consideró necesario. En febrero de 2020 se compararon tres secuencias cortas de aminoácidos del coronavirus de pangolín con el coronavirus de Wuhan y se comprobó que coincidían en un 99.54%. Parecía que el pangolín era el animal intermediario entre los murciélagos y los humanos.

Muchos expertos tenían serias dudas sobre la relación entre el coronavirus de pangolín y el de Wuhan. Para resolver el misterio había que secuenciar el genoma completo del coronavirus de estos tres pangolines enfermos y comparar las secuencias de nucleótidos. Por ello se han recuperado las muestras del año pasado y se ha realizado la secuenciación completa del genoma del coronavirus de pangolín (Pangolin-CoV-2020). Gracias a ello se ha podido verificar que SARS-CoV-2 se parece mucho más al coronavirus de murciélagos Bat-CoV-RaTG13 que al del pangolín. Los interesados en los números concretos, pueden comparar el porcentaje de nucleótidos y aminoácidos comunes en cada uno de los genes homólogos entre estos coronavirus (en concreto de SARS-CoV-2, Pangolin-CoV-2020, Bat-CoV-RaTG13, Bat-CoV-CVZXC21, Bat-CoV-CVZC45 y SARS-CoV).

Lo más curioso del genoma del Pangolin-CoV-2020 es que se parece más a SARS-CoV-2 (antes 2019-nCoV) y Bat-CoV-RaTG13 que a otros coronavirus de murciélagos, como Bat-CoV-CVZXC21 y Bat-CoV-CVZC45, y que a SARS-CoV (que provocó la epidemia de SARS de 2003). La secuencia de nucleótidos de la proteína más relevante de los coronavirus, la glicoproteína S responsable de su «corona», coincide en un 82.21% entre pangolin-CoV-2020 y SARS-CoV-2, cuando coincide en un 92.59% entre bat-CoV-RaTG13 y SARS-COV-2. El motivo de la proteína S que se acopla al receptor ACE2 de las células humanas es muy semejante entre SARS-CoV-2, Bat-CoV-RaTG13 y Pangolin-CoV-2020. Pero hay una gran diferencia en el sitio de escisión S1/S2 (~680-690 aa) que está presente en el coronavirus humano SARS-CoV-2, pero está ausente en Bat-CoV-RaTG13 y Pangolin-CoV-2020.

El análisis filogenético basado en el gen de la proteína S muestra que los coronavirus SARS-CoV-2, Pangolin-CoV-2020, Bat-CoV-RaTG13, Bat-CoV-CVZXC21 y Bat-CoV-CVZC45 están más relacionados entre sí que otros betacoronavirus (como SARS-CoV). Los interesados en el árbol filogenético completo (de hecho, varias versiones del mismo) pueden consultar el artículo en bioRxiv.

En mi opinión, lo más relevante de la secuenciación del genoma de pangolin-CoV-2020 no es que se descarte que sea el animal intermediario entre murciélagos y humanos, sino que su proteína S es tan semejante a SARS-CoV-2 que podría infectar a humanos. Así habrá que estar muy vigilante y tomar medidas para prevenir que futuras mutaciones de pangolin-CoV-2020 acaben permitiendo que infecte a humanos. No se deben despreciar los riesgos del uso de escamas de pangolín en la medicina tradicional china.

Enlace al artículo original de autor en NAUKAS: https://francis.naukas.com/2020/02/24/la-relacion-entre-el-coronavirus-de-wuhan-y-el-coronavirus-del-pangolin/